明治初頭の鉄道開業前から２００７年開館時までだったが、数年分の延長分が確保されていた。
２０１８年南館開館にあたり歴史ステーションに展示品の大半は移動、
車両大型模型を展示する鉄道車両年表コーナーになった。
ロコモーション号、新橋駅模型から始まる。
開業時の鉄道員制服、１号機関車、鉄道開業の勅語。
双頭レールを使った新橋〜横浜間開業当時の線路実物。
鉄製枕木を使用した京阪神間開業時の線路実物。
甲武鉄道御殿トンネルに設置された兜の扁額。
鉄道連絡船はコーナーにまとめられている。
国鉄バスも開業時とハイウェイバスの模型が並ぶ。
東京駅。
万世橋駅模型。
幹線電化で大型電気機関車が登場。
流線型時代。
展望車模型、朝鮮・満州へのポスター。
戦時輸送の展示物はあまりなく、占領期のGHI専用列車のテールマーク。
特急復活、東海道電化、交流電化の時代。
ディーゼルカーの躍進からビジネス特急「こだま」の時代へ。
モハ９０（クモハ１０１）模型と１５１系旧番号板。
１５１系は木形模型のみ。
修学旅行用１５５系。
新幹線開業。
１９７０年代にはこの時期廃止された都電関連品も。
ブルートレイン、絵入りヘッドマークと最後の蒸気機関車３両のプレート。
橋上駅化した与野駅模型。
国鉄からJRへ。
ＪＲ化後の車両模型。
最後は山形新幹線新庄駅模型。
展示コーナーを４８５系と４００系が走行、２００７年以降の展示スペースも用意されていた。